会计机构的设计原则有：合规性原则、真实性原则、科学性原则、针对性原则、内部控制原则、效益型原则、适应性原则。会计机构，是指各单位办理会计事务的职能部门。根据《会计法》的规定，各单位应当根据会计业务的需要，设置会计机构，或者在有关机构中设置会计人员并指定会计主管人员；不具备设置条件的，应当委托经批准从事会计代理记账业务的中介机构代理记账。