如果公司决定进行裁员，部门经理不同意也无法改变这个决定。通常情况下，公司会有一套裁员方案和程序，按照规定进行执行。如果部门经理不同意，他或她可以提出自己的意见和建议，但最终决策权在公司高层管理层手中。因此，部门经理应该尽力配合公司的决策，并确保裁员过程顺利进行，以减少对员工和公司的影响。