国税局和地税局合并成为我国税制改革的必然趋势，具有深远意义。但是，在国地税合并过程中还是面临诸多挑战，主要有双重领导机制和职能定位两个问题。首先是国家税务总局与地方双重领导机制如何建立的难题破解。这次国地税合并异常复杂，既涉及垂直管理的国税系统，又涉及横向交叉的地税系统，在管理机制上国家与地方管理目标的协同非常重要。因此建立健全职责清晰、运行顺畅、保障有力的管理制度机制迫在眉睫。其次是如何处理好合并后职能定位与运行内容，与中央和地方财政事权及支出责任划分改革、地方收入体系构建等改革协同起来，最大限度保障各方职能需要，促进社会经济的有序高效发展，显得十分重要。