中央银行业务收入的审计重点是：金融机构往来收入。中央银行的往来帐户主要有联行往来和金融机构往来。联行往来是指同一银行内所属各行处之间的资金帐务往来，联行往来帐户集中反映了银行办理货币结算和资金调拨的全过程。金融机构往来，是指各银行跨系统的资金划拨、款项汇划，以及办理货币结算而相互代收、代付款项所发生的资金帐务往来，中央银行金融机构往来帐户反映金融机构与中央银行存贷资金及利息收付等资金往来。因此，对中央银行审计，必须从银行存款帐户、联行往来帐户及金融机构往来帐户入手，才能够全面掌握资金运动的总体情况。