房地产开发企业土地增值税清算的方法是：1、预征的方法，按预售收入乘以预征率计算，预征率由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况核定。2、汇算清缴的方法，主要包括清算时间的确定、收入的确认、扣除额的确定、未出售产品相关事项的确定以及应纳税额的计算等几方面。土地增值税是以土地和地上建筑物为征税对象，以增值额为税基，并按照30％-60％的四级超率累进税率进行征收。