首先，编制不同：劳动合同制业务类司法辅助人员属于临时招聘性质的，不占用编制。综合类司法辅助人员要上报人事局备案，占用编制名额，单位不能独自决定人员去留，需报人事局审批。其次，福利不同：劳动合同工所享受的一切福利据合同中商定的条款确定，受法律所约束。在编人员福利待遇由单位拟定后报人事局审批，遇政策调整可相应作出调整。最后，补助不同：另根据各单位自己的情况有一些节假日补助之类的，劳动合同工所获得的会比编制人员少。