合理用药杂志社和疑难病杂志社并不是同一个杂志社。合理用药杂志社主要关注的是药物的合理使用、临床用药的理论与实践等方面，而疑难病杂志社则更侧重于报道有关疑难病症的诊疗经验、研究成果和新进展。虽然两者都涉及医学领域，但它们的关注点和报道内容有所不同。因此，合理用药杂志社和疑难病杂志社是两个不同的杂志社。