可以仲裁，公司没有扣除工资的权限，写在所谓制度中的也不行，但是如果员工手册（就是公司规章制度合集你阅读并签字了）说迟到多少次就开除这个仲裁很难胜诉。如果员工故意或者重大过失给企业造成损失可以起诉员工进行赔偿，也可以扣除法律规定一定比例的工资。