区别在于在财政紧张时，财政将不保障差额事业单位的工资，也就是说差额事业单位的差额编制人员存在无法按时领到工资的可能，而且差额拨款单位人员的工资不属于三保支出，也就是不属于保民生、保工资、保运转支出。