灵活就业协议的签订与否是不会影响你的应届生身份的。灵活就业只是统计学生就业情况，就是为了统计每年的就业率，如果实际上在你毕业两年内你都没有找到工作，你还是可以按照应届生的身份来报考相关的工作岗位的，所以并不会影响应届生身份。