如果自己的意见与上司矛盾，可以采取以下方法处理：首先，确保自己充分理解上司的意图和决策背后的原因。然后，私下里以尊重和专业的态度表达自己的看法，提供数据和事实支持自己的观点。如果上司坚持己见，那么应尊重上司的决定并执行。在执行过程中，保持沟通，如果遇到问题，及时反馈并寻求解决方案。这样做既能展现你的专业素养，又能维护与上司的良好关系。