灵活就业协议并不会影响应届生身份。 首先，我们要明确什么是应届生。应届生是指国家统一招生的普通高校毕业生在离校时和在择业期内（国家规定择业期为二年）未落实工作单位，其户口、档案、组织关系仍保留在原毕业学校，或保留在各级毕业生就业主管部门等部门的毕业生。 而灵活就业协议主要是用于统计学生就业情况，做给上级领导看的，很多数据是不真实的，并没有法律效力。因此，签订灵活就业协议并不会改变学生应届生的身份。 一般来说，只有国企、事业单位、行政单位等才需要调档案，其他人员档案一般都是直接放在人才市场。因此，对于档案的影响也并不大。 综上所述，灵活就业协议并不会影响应届生身份。