根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位应当足额支付劳动者的工资报酬，不得以任何形式扣减。因此，从工资中扣除车辆使用费是不合法的行为。 在招聘广告中明确注明了这一条款，也不能成为用人单位扣款的依据。如果事先经劳动者同意，达成书面协议并为其签订了相关的协议书，则可以被认定有效。如果发生在某些情况下使用费未能如期缴纳，用人单位只能采取和货运司机共同解决这个问题的方式，并承担相应的责任和费用。 总之，用人单位在雇佣货运司机时，应遵守相关的法律法规，不得侵犯劳动者的合法权益，保障劳动者的基本权益。