在劳动合同中，“或”字通常表示选择关系，即两种方案中任选一种。如果劳动合同中规定工资为“5000元或按公司规定”，这意味着劳动者可以选择以5000元作为基本工资，也可以选择按照公司规定的基本工资标准执行。 如果劳动者选择了5000元作为基本工资，那么在计算加班费时，应该以5000元为基数进行计算。如果公司违反了劳动合同的约定，劳动者可以通过劳动仲裁等方式维护自己的权益。 如果公司以“或”字后面的方案为准，即按照公司规定的基本工资标准计算加班费，那么劳动者可以根据劳动合同的约定提出异议，因为选择权在劳动者手中。如果公司无法提供合理的解释或证据来支持其主张，那么劳动仲裁机构可能会支持劳动者的诉求。 总之，劳动者应该仔细阅读劳动合同中的条款，了解自己的权利和义务，并在必要时寻求法律援助。