在劳动合同中约定以基本工资作为计算加班工资的核算基数，可能会导致员工的加班工资被降低，这可能违反了《劳动合同法》的相关规定。根据《劳动合同法》第三十一条规定，用人单位应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。如果劳动合同的约定与国家有关规定相抵触，该约定可能被视为无效。 面对这种情况，劳动者可以尝试采取以下措施： 与用人单位进行沟通，表达自己的疑虑和诉求，要求用人单位按照国家有关规定支付加班费。 如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对用人单位的行为进行查处。 在必要时，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。 总之，劳动者在遇到劳动合同中的不合规约定时，并不一定要妥协。可以通过合法途径维权，争取自己的权益。同时，我国政府和有关部门也会对违反劳动法律法规的行为进行查处，以保障劳动者的权益。