在业主自治中出现的问题，可以采取以下方式进行处理： 1. 业主与物业管理公司协商解决：根据有关的法律、法规以及管理规约和物业管理合同的规定，业主和物业管理公司可以自愿平等地进行磋商，进而解决管理纠纷。 2. 由第三人调解：调解可分为民间调解、行政调解和司法调解三种。比如可以由物业公司所在地的人民调解委员会进行调解，或者行政调解，或者司法调解。 3. 向行政部门投诉：根据《物业管理条例》，业主与物业管理公司发生纠纷时，业主可以根据规定，向其所在地县级以上地方人民政府房地产行政主管部门投诉。 综上所述，处理业主自治中出现的问题需要依据法律法规进行，同时需要积极沟通和处理，注重公平公正。