医院合同工和正式工的区别是： 1、档案归属不同：合同工档案可以医院人事部门保管，或者需要存放于当地人力资源市场。编制工为本地卫生局存档。 2、雇佣渠道不同：合同制工是医院与工签劳动合同，编制工是本地卫生局招聘入编制，分配到具体工作的医院上班。 3、工资发放不同：合同制工工资为医院开支，编制工是卫生局根据工资格、职称、学历、岗位制定工资标准。 4、工资调整不同：在编工统一执行国家卫生部门工资调整，合同工工资级别调整依医院本身工资制度而定。 5、保险：在编工为各地卫生部门统一按劳动法律缴纳保险福利，合同制工缴纳保险依医院福利待遇制度而定。