医生入编和不入编的区别是：1、待遇不同：入编的有绩效工资、住房公积金、住房公积金补贴等，享受公务员待遇；不入编则不一定；2、晋升途径不同：入编可以考职称，也可以升职；不入编干升职的可能性要小一些；3、权益不同：有编制的有投票权，没有编制不一定有投票权；4、进入单位的方式不同：入编的是通过公务员考试、事业单位考试和部队军官转业安置等方式获取编制而上岗工作；不入编的是合同工，是通过人事部门，建立的是劳动关系。