区别主要在于税务，是否可以独立建账进行核算。独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。特点是：在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金，在当地银行开户。独立进行经营活动，独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。非独立核算又称报账制，是把本单位的业务经营活动有关的日常业务资料，逐日或定期报送上级单位，由上级单位进行核算。特点是一般由上级拨给一定数额的周转金，从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销。