机构性质指的是机构的根本属性，由机构的职能决定。机构的性质分为三类：行政性质的机构、事业性质的机构和企业性质的机构。机构性质管理的要求在于准确合理地确定机构的属性，从而使机构更好地改造其职能，为科学、合理地核定人员编制提供条件。机构性质管理的基本方法是按照党政分开以及政企分开、政事分开的原则，在对机构的职能进行科学管理的基础上，对机构的性质进行合理确定。