事业单位合同制和编制的区别是：1、招聘方式不同：合同工是通过人事部门发布招聘信息，通过面试流程后，与其签订劳动合同，建立的是劳动关系；编制工则是通过公务员考试、事业单位考试和部队军官转业安置等方式获得工作。2、工作权限不同：合同工只能是协助执法；而编制工则具有执法权，可以指挥合同工协助执法。3、待遇不同：合同工的工资是用人部门内部经费发放，工资普遍较低，合同工需要自己缴纳养老保险，退休后才能根据自己交的养老保险的数额获得退休工资；而编制工的工资是由国家财政保障，相对稳定工资较高，编制工也不需要交养老保险，退休后根据级别获得退休工资。