出口加工区和保税区的区别是：1、功能开发方面不同：出口加工区只能单一的出口加工；而保税区开发现代国际物流分拨、国际贸易、出口加工、保税仓储、商品展示展销功能。2、销售方面不同：出口加工区的产品只外销而不内销；而保税区生产加工的产品既能内销也能外销。3、出口退税方面不同：产品进入出口加工区即可以办理退税手续；而保税区产品离境后才能办理退税手续。4、流程不同：出口加工区的货物，经区内企业进行实质性加工后方可运出境外，而保税区的货物，办理有关手续后运出境外。